Отсоединению Таджикистана от Советского Союза поспособствовали клановые и религиозные разногласия. А в дальнейшем стремление к независимости подтолкнуло народ к назревавшей гражданской войне.
Власть в Таджикистане, как и в других советских республиках, принадлежала коммунистам. Одним из факторов, повлиявших на ход событий, было так называемое «засилье ленинабадцев». Дело в том, что при подборе руководящих работников коммунистической партии предпочтение отдавалось выходцам из Ленинабада и области. Рахмон Набиев, первый секретарь центрального комитета коммунистической партии, а также его последователь Каххор Махкамов, занявший этот пост в самом начале перестройки, были уроженцами Ленинабадской области.
Во время перестройки в других регионах образовалась оппозиция, которая стала добиваться к власти. В это же время усилилось политическое влияние исламских радикалов. Недовольство и раздражение возрастало, в стране возникло национально-демократическое и религиозное движение, которое привело к межрегиональному противостоянию. В начале 90-х годов родилось движение приверженцев суверенитета "Возрождение" ("Растохез").
Популярность лидеров оппозиции росла, а авторитет республиканской власти все больше падал. В начале девяностых произошел раскол страны по регионам. Ленинабадская, Кулябская области и Гиссарская долина оказались в противостоянии к Горному Бадахшану и Гармской долине, находящимся под влиянием исламистов.
Распространение ислама ширилось, и оппозиция попыталась использовать это явление в своих целях. Официальная идеология компартии насаждала среди населения атеизм, но все же ислама придерживалась большая часть населения. Религиозные службы проводились в стране подпольно. А после принятия закона «О свободе совести и религиозных организациях» в 1990 году ислам стал распространяться открыто – массово строились новые мечети и восстанавливались старые.
Приверженцы ислама стали доминировать в оппозиции. К 1991 году относят образование Исламской партии возрождения (ИПВ). Ее программа предусматривала построение нового общества, основанного на принципах веры и ориентированного на Божественное вдохновение. Естественно, коммунистическая система с ее «безбожностью» отметалась полностью, а единственно правильными законами признавались нормы шариата.
Власти усмотрели угрозу в растущем влиянии исламистов и попытались препятствовать легализации их структур – ввели законодательный запрет на создание организаций религиозного характера. Но все же ИПВ была успешно официально зарегистрирована.
В это время как раз в руководстве республики происходили перестановки. Оппозиция добилась отставки руководителя Рахмона Набиева, а его место занял Каххор Махкамов, который пришел с оппозицией к мирному соглашению на взаимовыгодных основах.
Демократическая оппозиция оказалась слабее исламистской. Демократическая партия Таджикистана, целью которой было достижение демократических свобод и национальное возрождение, не смогла конкурировать с Исламской партией возрождения. Наоборот, демократы начали объединяться с исламистами.
Во время гражданской войны и "Растохез" и Демократическая партия стали приверженцами движения за исламизацию Таджикистана. Действующие власти постепенно теряли свое влияние. Доказательством этого были трагические события в Душанбе в феврале 1990 года, которые продемонстрировали неспособность властей быстро урегулировать конфликт.
Беспорядки возникли на почве слухов о том, что власти собираются выделить новые квартиры армянским беженцам, прибывшим из Баку после происшедших там беспорядков. Душанбинцы собрались на митинг протеста перед знанием ЦК компартии. Количество протестующих достигло нескольких тысяч. Объяснений они не получили, никто так и не вышел к толпе, и недовольство нарастало. Постепенно антиармянское выступление вылилось в лозунги против главы республики Каххора Махкамова и стычки с милицией, которые усугубили обстановку. Было применено оружие.
Толпы разъяренных людей ринулись в город, круша все на своем пути. Погромы, поджоги, грабежи, человеческие жертвы… Больше всех пострадало нетаджикское население, в том числе и русские. Часть армянских беженцев спешно улетели из страны. Беспорядки продолжались несколько дней. В результате – двадцать человеческих жертв, более пятисот раненых. Город заполонили армейские части. Власти вынуждены были пойти на объявление комендантского часа.
Каххор Махкамов обвинил во всем оппозицию, которая, по его мнению, намеревалась дестабилизировать положение с целью захватить власть. Приписывалась также причастность к беспорядкам высокопоставленных чинов КГБ.
Оппозиционеры отплатили той же монетой – они обвинили местные власти, которые якобы при поддержке того же КГБ устроили провокацию с целью искусственно создать повод, чтобы покончить с оппозицией.
Как бы там ни было, после трагических событий в феврале Каххор Махкамов подал прошение об отставке, которое не было одобрено пленумом ЦК. В результате он остался высшим руководителем страны, только пост теперь был президента республики. Отставку Каххор Махкамов получил позже, после августовских событий в Москве, связанных с путчем.
9 сентября 1991 года Таджикистан был объявлен независимым государством и позднее вошел в состав СНГ.